大地拖延了战争的进程。

　　部长和总司令的职权不明，也使前线指挥官无所适从，不知道究竟该听谁的命令，美国内战初期，北军往往受此影响，前线指挥官有时在同一时刻，会收到部长和总司令几乎完全相反的命令，令他们左右为难，结果导致战事失利。为了改变指挥体系的混乱，林肯总统任命陆军总司令领号令三军，全权指挥军队的军事行动，让陆军部长负责兵员招募、后勤补给等事务，这一举措迅速扭转了不利状况，加速了北军的胜利。

　　但是，这一套指挥体系，是有悖于法律规定的，事实上剥夺了陆军部长的军事指挥权。后来的总统更甚，干脆让陆军总司令统领陆军业务，并命令陆军各局都要向陆军总司令而不是陆军部长报告工作，这一举动遭到国会的猛烈批评，只好作罢。陆军部长和陆军总司令的职权没有划清，再次影响到此后进行的美西战争。

　　美西战争后，深感不便的美国政府及军队领导人，均认为这种职责混淆的情况再也不能继续下去了，必须结束陆军部长、陆军总司令，以及陆军各行政、技术、后勤等部门三足鼎立、相互倾轧的情况，建立一个决策一元化的中心。

　　此后，美国仿照德国总参谋部的样式，正式组建陆军的总参谋部，用陆军总参谋长取代陆军总司令。总参谋部由作战军官控制，为总统和陆军部长就陆军的战略计划、陆军的发展等有关事宜提供咨询，对各部门的工作进行监督，并指导陆军的训练。此后国会通过的《参谋部法》，基本上实现了这一设想，但是在第一次世界大战时，陆军参谋长又与远征军总司令就军队指挥权问题产生了新的矛盾。

　　海军的情况稍微好一些，在指挥权方面上不存在这一问题。

　　自海军部成立以来，一直是由文职部长在一些职员或委员会的协助下，指挥海军的建设和军事行动，没有设立海军总司令。海军部各部门单独运作，并向部长报告工作情况。在马汉的《海权论》指导下，美国海军逐步壮大起来，在战争中的作用日益突出，1915年美国政府在海军部设立了海军作战部部长，这一职权相当于陆军部的参谋长，作为海军部长的助手，海军作战部长有自己直属的参谋班子。

　　德国入侵波兰前后，美国海军指挥系统的阵容已经十分庞大。按美国人自己的划分，美海军主要由海军部、海军作战部队和岸上机构组成。海军部设在华盛顿，是海军的主要行政领导机构，它包括海军部长办公室、海军作战部、陆战队总司令部、海军部各直属局，战时还包括海岸警卫队司令部。海军作战部队包括作战舰队、海上部队、舰队陆战队和其他部队。岸上机构是除作战部队和海军部之外的其

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