孙承宗入阁的第一件是就是向朱由校递上了一份奏折，是阐述近两个月来协理三大营营务时发现的的弊端及到任后的整治措施。

　　骆思恭虽然是主政三大营营务，孙承宗是协理，但骆思恭心里明白，孙承宗比他更懂军事，何况他是帝师，内阁阁臣下来的，这么高级的官员早晚还会回到内阁，他们俩共事这么久，不仅友谊深厚，而且骆思恭十分的谦让孙承宗，他知道自己的才能不及他，所以，孙承宗一到任，他就躲到幕后落的逍遥自在，让孙承宗一人主管了三大营营务。孙承宗也不计较，全权整顿了营务。

　　在近两个月的时间，孙承宗雷厉风行，首先查实了兵员实额，惩治了一些贪将，视察兵营军械，将八名锦衣卫分配到兵营中，考查士兵，淘汰老弱之兵，补充青壮，修武备，整肃军纪，短短时间已经是焕然一新，目前新兵仍在招募中，主要招募对象集中在流落京畿附近的逃荒流民。

　　朱由校大加赞赏了孙承宗的治军之策，在流民中招募青壮入伍，一定程度上缓解了社会治安的压力，同时也打破了一种制度，那就是军籍的世袭制度，这样不仅可以招募青壮入伍提高了军队的战斗力，也逐渐为朱由校下一步的改革打开了一个缺口。

　　不过，让朱由校隐隐忧患起来，有流民就说明有天灾、有人祸，有农民没地种，吃不上饭才逃荒到京畿附近。

　　朱由校不禁感叹起来：国家离富强还有很远的道路要走啊！

　　朱由校只知道明军三大营是皇帝禁军，分别是五军营、三千营和神机营，至于具体事务就不得而知了。朱由校向孙承宗垂问三大营具体的区别，孙承宗一一道来，朱由校才算明白，三大营只是统称，五军营分为中军、左﹑右掖和左﹑右哨，还有掌随驾马队官军的十二营，掌操练上直叉刀手及京卫步队官军的围子手营，以及幼官舍人殚忠﹑效义诸营都属五军营；神机营，其下亦分中军、左﹑右掖、左﹑右哨。中军分设四司，掖﹑哨各分设三司，掌铳﹑炮等项火器，三千营均为骑兵，人数不多，不过四五千人。

　　朱由校听的一塌糊涂，倒不是因为营务复杂，而是这些番号听起来别扭，什么左右掖，幼官舍人殚忠﹑效义，记不住不说，听也听不懂。等孙承宗说完，朱由校不知下面到底分为多少个营，也不知人数多少，如何统计，于是大手一挥，改组京师三大营。三大营各设都统一人，副都统两人，五步营下设十二营，每营按照数字编号，其它各司一并裁撤，每营设满编万人，设万户、千户、百户统管，神机营、三千营按此例改制，三千营改为“骑兵营”，“三千营”即使骑兵部队，叫“三千营”听着太别扭。

　　另外成立宪兵营，负责三大营营务

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